在《半条命2》中，玩家将再次拿起科学家戈登·弗里曼的撬棍，身处被外星人侵占的地球，这时的地球已经满目疮痍、资源殆尽、人类稀少。弗里曼被推到了一个并不让人羡慕的位置上——从自己在黑山基地犯下的错误中拯救地球。而一大群他所关心的人们也都仰赖于他。