《天命奇御二》描写了不羁少年诸葛羽成长的故事。诸葛羽自小双亲早逝，长大后得知双亲对抗权臣亡故的事迹后，便早早立下志向要让陷害双亲之人负起应得之罪，并继承双亲铲除贪官、奸臣的遗志。在游戏中玩家扮演诸葛羽，透过搜集线索与提示、推理解决各样情节扑朔迷离的奇案。最终经由抽丝剥茧找出真相，破除幕后的黑手，成就清正廉明的天下。