2037年，在幸免于“Sad Morning”的东京中野，主人公高冈步论和朋友弓川十字一起过着从事黑客工作的生活。 某天，步论在没有对象的情况下宣布“私奔”，在应该没人的聚会场所遇到了谜之少女“小桃”。紧接着，追击小桃的谜之袭击者出现。在逃生过程中，步论设法摆脱了困境，获得了一个可以让他像游戏一样记录和重新开始的“Save & Load”程序。 然而，这只是一系列事件的开端……一个接一个地设下不可解任务“Quest”的谜之天才黑客“Cicada3301”。复活本该被冻结的地球模拟器的“垓机关”。还有在暗地里活跃的梵蒂冈“513圣务室”的刺客。步论因与小桃的相遇而卷入各种思惑，并面对一个将震撼世界的重大事件。在黑入和使用“Save & Load”之后，等待着的真相是什么？ “黑入”现实的无数分支，“加载”拯救世界的结局吧！这就是，改写未来的“黑客”的故事。